לבית הספר שני מסלולים:
מסלול א': כולל 36 שעות שבועיות סמסטריאליות, כתיבת סמינריון אחד וביצוע עבודת גמר מחקרית (תיזה).
מסלול ב': כולל 42 שעות שבועיות סמסטריאליות, כתיבת שני סמינריונים וכתיבת עבודה מסכמת בתוכניות קידום בריאות, תזונה בריאות והתנהגות, ביוסטטיסטיקה, אפידמיולוגיה, קהילה, בריאות סביבתית וגהות תעסוקתית, ביואתיקה, פעילות גופנית מאמץ ובריאות. עבודה מסכמת כוללת פיתוח רעיון למחקר על ידי סקירת ספרות רחבה, בנייה ופיתוח השערות מחקריות לשאלה מחקרית ותכנון מחקר מתאים. יתאפשר איסוף נתונים מינימאלי לפיילוט לבחינת כלי מחקר.
בתוכניות מנהל מערכות בריאות וניהול מערכות בריאות יתקיים מבחן מסכם.
שעות הלימוד הן סה"כ 36 שעות לימוד שבועיות סמסטריאליות במסלול הכולל כתיבת עבודת גמר מחקרית- תזה ו-42 שעות לימוד שבועיות סמסטריאליות במסלול עם פרויקט/בחינת גמר. העבודות הסמינריוניות צריכות להיכתב במסגרת קורסי ההתמחות/תוכנית באופן אינדיבידואלי (עבודה ביחידים).
תוכניות הלימודים כוללות לימודי חובה לכלל בית הספר, לימודי חובה של כל תוכנית/התמחות ולימודי בחירה. מתוך לימודי הבחירה יש ללמוד בין 4 ל-14 שעות מקורסי הבחירה של התוכנית ואת היתר ניתן ללמוד מכל קורסי בית הספר או קורסים מחוגים אחרים באוניברסיטה (עד 4 שש"ס), לאחר קבלת אישור מראש ההתמחות/תוכנית.
הסטודנטים מחויבים במהלך הלימודים להשתתף בשני כנסים מדעיים הקשורים לנושא התוכנית שלהם ובאישור ראש התוכנית.
בשני מסלולי הלימוד לומדים בשנה א' כתיבה מדעית* בהיקף של 2 שש"ס, כאשר חלק אינטגרלי מקורס זה הוא הדרכת ספרייה, שתתקיים במהלך הסמסטר הראשון ללימודים ובאחריות הסטודנט להשלימם (ציון מעבר בקורס- 80).
במסלול הכולל כתיבת עבודת תזה חלה חובת השתתפות בקורס "הדרכה לתזה", בהיקף 2 שש"ס. במסלול הכולל כתיבת פרויקט גמר חלה חובת השתתפות בקורס "הדרכה לעבודות גמר", בהיקף 2 שש"ס.
משך הלימודים במסלול ללא תזה – שנתיים. במסלול תזה – שלוש שנים.
בשנה א' לומדים יום אחד בשבוע (יום ה') בכל התוכניות/התמחויות הלימוד.
בשנה ב' לומדים יום לימודים אחד (ד' או ה' לפי תוכנית הלימודים) בכל התוכניות/ התמחויות.
*קורס זה אינו נספר במניין השעות לתואר
**ביה"ס רשאי לדרוש הצגת התזה בפורום של ביה"ס או של מגמת הלימוד.